X-Ray ayırıcı sisteminde, maddelerin atomik yoğunluğuna bağlı olarak X ışınlarını soğurma katsayıları farklılığından yararlanılarak ayırma işlemi yapılır. Farklı atom yoğunluklarına sahip farklı maddeler X ışınlarını farklı derecelerde geçirir. Bu durum maddeler arasındaki ayrımın yapılmasını sağlar.

Tüvenan malzeme, X-Ray taraması yapılan tünelden geçirilir. Tarama yapılan objelere özel yazılımlar kullanılarak görüntü işleme teknolojisi uygulanır. İşlenen görüntülerdeki objelerin organik ve inorganik yüzdeleri bulunur ve bu değerlere göre ürün veya atık olarak belirlenmesinden sonra basınçlı hava ile akıştan ayrılıp ayrılmamasına karar verilir.